這幾篇只是稍微紀錄一下Prototype的劇情，不是攻略，詳細的對話翻譯見巴哈的哈拉版的這個討論串。
和劇情比較無關的地方是隨便翻譯一下。
和劇情有關的地方是大概翻譯一下。( = = )
可以接受的話，就看下去吧…
===Mission 1===
開頭動畫：
「我的名字是Alex Mercer。」
「我是這些混亂的源頭。」
「他們叫我殺手、怪物、恐怖份子。」
「這些都是我。」
「三個星期前，有個人在Penn station散發了致命的病毒。」
「我在停屍間醒來。」
「現在我追捕、殺戮、吸收他們、變成他們。」
「我要找出是誰對我做了這些事。」
「然後要他們付出代價。」
（一群士兵在巡邏）
（一個女孩跑過來，一群感染者在後面追）
（一群士兵殺了感染者）
（也殺了女孩）
（士兵發現Alex）
（Alex殺了身邊士兵）
（有個士兵發射launcher）
（Alex用盾牌擋住）
（一個士兵又發射launcher）
（Alex被震開，旁邊的汽車爆炸）
（士兵看到有個生還的士兵躺在旁邊，走過去拉他起來）
（生還士兵：「指揮官在哪？」）
（士兵：「他在時代廣場，我會呼叫…」（被殺掉））
（ 生還士兵：「免了。」）
（生還士兵變成Alex）
下一個鏡頭是限制級說
之後是讓玩家熟悉一下Alex的戰鬥。
遊戲的劇情是倒敘法，在第18天Alex和某個人的對話，然後開始回想Alex重生之後發生的事。
=== Mission 2 ===
主角Alex (本名叫 Alexander J. Mercer)一開始被當作死人。
Blacklight是病毒。
Gentek 科學家1：「我知道這小子，他是Blacklight（感染者）。」
Gentek 科學家2：「是阿，現在是死掉的Blacklight（感染者）。」
Gentek 科學家1：「他的名字是Mercer, Alex J.，有個親人叫Mercer, Dana A.。」
Gentek 科學家1：「是他的老婆嗎？」
Gentek 科學家2：「誰知道。」
Gentek 科學家1：「你覺得這個在（Gentek的）51（樓）有沒有什麼要做的試驗？」
Gentek 科學家2：「不知道，我也不想知道。」(這個科學家是被消極鬼魂穿過了嗎)
科學家們正想要切開Alex的胸腔的時候，Alex醒了過來。
兩個科學家嚇得倒退三步：「快出去，叫killteam（怎麼翻？滅口小隊嗎？）馬上過來！」
外面警報聲大作，Alex爬下來，走出Gentek大樓。
Alex走的跌跌撞撞，顯得很吃力。他看見一架直昇機降落。
Blackwatch指揮官對科學家：「我的命令是來殺了你和燒了你他喵的屍體！」
然後示意旁邊的士兵殺了科學家。
士兵發現在一旁窺探的Alex。（你的窺探方式和喬巴一樣高明 = =）
士兵：「優先目標！優先目標！」
士兵們把Alex逼到牆邊，舉槍瞄準他。
Alex：「等…等一下。」
士兵們射擊，中了槍的Alex發覺他沒事。
Alex：「我到底發生了什麼事！？」
士兵們看起來還想繼續開槍射擊，Alex看到旁邊的鐵絲門，縱身一躍，跳了過去。
Alex回頭看了一下高聳的鐵門：「真是…容易。」
51應該是指Gentek大樓第51樓的實驗室。
(帥 =/////=)
Alex發現了他的身體不對勁。
有直昇機追來，Alex繼續逃跑。
直昇機朝他射飛彈，Alex抓起了小黃。
Alex：「你還想拿什麼東西丟我？你想要我怎樣？」
Alex把小黃瞄準丟過去，當然是機毀人亡。
後來也如此這般的毀了兩架。Alex逃到一個死巷，痛苦的靠在牆邊。
一個士兵走過來，朝對講機：「發現敵方，即將接觸。」
看到他半死不活的樣子，朝他開了一槍。Alex沒反應。
士兵轉過身，對講機另一方：「狀況如何？」
士兵：「結束了。」
Alex站起來，抓住士兵，把他摔在地上，吸收了他。
一名指揮官走了過來，Alex變成士兵的樣子。
指揮官：「目標他喵的在哪？！」
Alex吸收了指揮官，從他的記憶得知他有個sister叫Dana。
Alex：「我的sister。他知道她在哪，於是我也知道了她在哪。」
就要跑去找Dana。
仔細看還可以看到車子裡有人…
第一個背對Alex而受害的受害者 XD
這裡不得不提一下，吸收真是個方便的技能，本來不會開坦克、駕飛機，吸收一下就統統知道了，真是先進的病毒。（羨慕貌）
Dana的住所以經聚集了大批兵力。Alex進了公寓，看到士兵抓著Dana。
Dana：「放開我！」
Alex：「Dana！」
Alex一個箭步走過去殺了士兵。
Dana看起來有點懼怕Alex。
Alex：「我不會傷害你。」
兩人到了一個暫時安全的地方。
Dana：「天哪，我知道Gentek發生了一些事情，你到底發生什麼事，Alex？」
Alex沒說話。
Dana：「 我研究了幾個星期，並且試著探聽你的消息。」
Dana：「你記不記得你曾試著要找出在Gentek最高的樓層發生了什麼事。」
Dana：「我…我已經五年沒見過你了，直到你上個月出現在我家門前。」
Alex：「你有可以去的地方嗎？」
Dana：「有阿，我…知道一個地方。」
正說著，追兵就要來了。Dana帶Alex到他一個朋友的住所。
Alex：「對這整件事有任何想法嗎？」
Dana：「沒有，不過我會試著去找出。我的意思是，這是件不小的事，所以一定有人會知道是怎麼回事。」
Dana：「你了解的…，他們在我的屋子等著你，所以他們也一定會在你的住所等著你。」
Alex：「我住在哪？」
Dana指著地圖，Alex：「你會在這等我回來吧？」
Alex：「你最好待在這，他們會把這座城市翻過來找我們。」
Dana：「會的，我會在這。」
紅色箭頭指的是Alex的公寓。
Alex到了一棟看起來蠻高級的大樓前面，沒受到什麼阻攔。
Alex：「家，我的家。」
Alex看著牆上的照片，陷入片段的回憶。
而軍方早就佈好陷阱，把Alex炸飛到街上。
牆上的證書寫的是Alexander。
Alex你還是穿連帽外套比較好看…
Mission 2 結束
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